Bischof Otto wurde auf seinen ausdrücklichen Wunsch hin im Chor der Michaelskirche begraben. Die um 1440 aus Sandstein gefertigte Deckplatte zeigt den jugendlichen Otto, lächelnd und mit starker Ausstrahlung. Der schmale Durchschlupf im Sarkophag ermöglicht Wallfahrern so den Reliquien des Heiligen Otto möglichst nahe zu kommen und verspricht, von Rückenleiden zu heilen.

Im 18. Jahrhundert befanden sich in der ehem. Abteikirche drei Orgeln. Heute existiert noch die große Orgel im Langhaus, welche nach dem Brand im Jahr 1610 neu errichtet wurde. Im Laufe der Jahre fanden zahlreiche Reparaturen und Veränderungen statt, die letzte Restaurierung erfolgte 1988. Das Orgelprospekt zeigt den heiligen Otto und heiligen Benedikt als Holzschnittsarbeit und besteht aus schwarz gefasstem Holz mit goldenen und weißen Verzierungen. Der Klang der Orgel hat trotz der zahlreichen Arbeiten an ihr noch einen spätromanischen Charakter.

Eines der schönsten Stücke in der Kirche ist die Kanzel aus Nussbaum am dritten Freipfeiler an der Nordseite des Langhauses, für die Georg Adam Reuß 1751 die Figuren schuf. Dem Bamberger Franz Anton Thomas verdanken wir das schwungvolle Gehäuse, ein Meisterwerk des Bamberger Rokoko. Am Kanzelkorb sitzen die vier Evangelisten, auf dem Schalldeckel thronen die Kirchenväter. Über allem erhebt sich der Erzengel Michael, der den Teufel zu Fall gebracht hat.

Zwölf reich verzierte und hochwertig ausgestattete Altäre finden sich in der ehem. Abteikirche:

• Der Hochaltar im Chorschluss
• Der Ottoaltar vor der Ottogruft und Ottotumba
• Der Sakramentsaltar in der Vierung
• Im Querhaus der Allerheiligenaltar, der Benediktineraltar und der Altar des Heiligen Nonnosus
• Seitenaltäre im Langhaus von 1726/27: Kreuzaltar, Schutzengelaltar, Benedikt- und Scholastikaaltar, Heinrichs- und Kunigundenaltar, Kiliansaltar, Sebastiansaltar

Seitlich des Vierungsaltars stehen Figuren der Bistumsgründer Heinrich und Kunigunde, geschaffen 1726 von Franz Anton Schlott. Ebenso wie die Engelsfiguren an den Chorpfeilern lenken sie den Blick zum Hochaltar. Die Gemäldedarstellung am Hochaltar zeigt den Ratschluss der Erlösung, gemalt von Johann Joseph Scheubel d. Ä.

Die damalige Sepulturkapelle wurde in ihrer heutigen Erschienungsform 1729 fertiggestellt und befindet sich am südlichen Querhaus. Der Mittelpunkt der Heilig-Grab-Kapelle ist das Grab Christi, im Kontrast zu dem an der Decke allgegenwärtigen Tod. Unter der von vier steinernen Balustern getragenen Deckplatte liegt in Lebensgröße eine Christusfigur. Darüber befndet sich die von einer Schlange umwundene Weltkugel. 1780 schufen Georg Hoffmann und Georg Josef Mutschele je vier Leuchterengel und Scharwächter, die das Grab beschützen. Die Kuppel der Kapelle ist mit reichen Stuckverzierungen versehen.

Besonders auffällig ist die Decke der um 1730 umgestalteten Heilig-Grab-Kapelle mit dem sogenannten Totenspiegel. Teils in filigraner Malerei, teils in hochwertigem Stuck wird dargestellt wie der Tod letztendlich über jeden Menschen kommt - gleich welchen Alters und Standes. So sitzt er zum Beispiel in Betrachtung seiner Seifenblasen, ein Symbol für die Kurzlebigkeit und Vergänglichkeit des Schönen.

In den Ecken befinden sich vier Medaillongemälde, die den Tod mit einem Gelehrten, einem Maler, einem Kardinal und einem Kaufmann zeigen. Darunter erkennt man als Stuckrelief den Tod mit symbolischen Herrscherrn der Kontinente Afrika, Europa, Asien und Amerika.

Auch die vier Jahreszeiten werden in Korrespondenz mit dem Tod in zwei Segmentbogenfeldern gezeigt, ebenso mit einem Krieger und Bauern sowie einem Greis und Mönch.